■

　　2日サボってしまったが、出来上がったソースを下に書きました。
　　皆さんの参考になればと思います。

　　あと、どうしてもjsとvbsファイルが一緒に出来なかった為実際は2ファイル
　　あります。1つする方法がわかればよりよいソースになると思います。

　　※１つめ
　　var WSHShell = WScript.CreateObject( "WScript.Shell" );
　　//ここでレジストリからjdkのパスを取得
　　var jdk = WSHShell.RegRead( "HKLM\\SOFTWARE\\JavaSoft\\Java Development Kit\\1.4.2_04\\JavaHome");

　　var java = jdk + "\\bin\\javaw.exe";
//起動したいソースの指定
　　var app = "xx.xxxxx.Main";
　　var cmd = "\"" + java + "\" " + app;

　　//Classを実行！！ここのポイントは引数を1にして処理が終了するまで待つところです
　　WSHShell.Run( cmd, 1, true);
　　//アプリケーション終了後シャットダウン用のvbsを起動します
　　WSHShell.Run( "shutdown.vbs", 1, false);

　　※２つめ
　　Set objSystemSet = GetObject("winmgmts:{impersonationLevel=impersonate,(Shutdown)}").InstancesOf("Win32_OperatingSystem")

　　For Each objSystem In objSystemSet
objSystem.Win32Shutdown 8
　　Next